Φάση ΙΙ-Ανθρωπολογική Φάση

 Το Ανθρωπολογικό Εργαστήριο της ΔΕΑ βρίσκεται στην προστατευόμενη από τα Ηνωμένα Έθνη περιοχή του παλαιού αεροδρομίου της Λευκωσίας και βρίσκεται σε λειτουργία από τον Αύγουστο του 2006. Επιπρόσθετα με την λειτουργία δύο πλήρως εξοπλισμένων ανθρωπολογικών εργαστηρίων, οι εγκαταστάσεις αυτές στεγάζουν τον χώρο φύλαξης των λειψάνων που έχουν εκταφεί καθώς και το Χώρο Ενημέρωσης των Συγγενών, όπου οι οικογένειες των αγνοουμένων έχουν την ευκαιρία να γνωρίσουν τους επιστήμονες που εμπλέκονται στην διαδικασία ταυτοποίησης και να ενημερωθούν για τα λείψανα των αγαπημένων τους.

Στο Ανθρωπολογικό Εργαστήριο της ΔΕΑ, δύο δικοινοτικές ομάδες αποτελούμενες από 12 δικανικούς ανθρωπολόγους αναλύουν τα λείψανα που έχουν εκταφεί.  Μεταξύ άλλων, συσχετίζουν τα οστά που εντοπίστηκαν μεμονωμένα με τα μεγαλύτερα σκελετικά λείψανα, καθορίζουν το φύλο και την ηλικία (κατά προσέγγιση), αναζητούν ιδιαίτερα στοιχεία αναγνώρισης, όπως παθολογικά και οδοντικά χαρακτηριστικά, ενώ εξετάζουν και καταγράφουν όλο το ρουχισμό και τα προσωπικά αντικείμενα που εντοπίστηκαν ανάμεσα στα λείψανα.  Μετά την ανθρωπολογική ανάλυση, κόβονται μικρά δείγματα οστών τα οποία αποστέλονται σε ενα εγαστήριο γενετικής για ανάλυση.